MHCXGraph.scripts.create_heatmaps¶

MHCXGraph.scripts.create_heatmaps.build_component_matrix(comp_df)[source]¶

MHCXGraph.scripts.create_heatmaps.build_ratio_matrix(comp_df)[source]¶: Matriz de similaridade (ratio_total_prot_comp), diagonal = 1.0.

MHCXGraph.scripts.create_heatmaps.create_distance_matrix(csv_path)[source]¶

MHCXGraph.scripts.create_heatmaps.create_heatmap(args)[source]¶

MHCXGraph.scripts.create_heatmaps.extract_original_graph_info(file_path)[source]¶

MHCXGraph.scripts.create_heatmaps.extract_unique_aminoacids(file_path)[source]¶: Extrai resíduos únicos por componente e consolida o global por proteína.

MHCXGraph.scripts.create_heatmaps.linkage(condensed_dist, method='average')[source]¶: Clustering hierárquico average linkage (UPGMA). Aceita vetor condensado (saída de squareform sobre matriz quadrada). Equivalente a scipy.cluster.hierarchy.linkage(…, method=’average’). Retorna Z: array (n-1, 4) — [cluster_i, cluster_j, distância, tamanho].

MHCXGraph.scripts.create_heatmaps.process_directories(directory_path, output_path)[source]¶

MHCXGraph.scripts.create_heatmaps.squareform(X)[source]¶: Converte entre forma condensada e quadrada. - 1D (condensada, n*(n-1)/2) → matriz quadrada (n x n) - 2D quadrada (n x n) → vetor condensado 1D Equivalente a scipy.spatial.distance.squareform.

Functions¶

`build_component_matrix`(comp_df)
`build_ratio_matrix`(comp_df)	Matriz de similaridade (ratio_total_prot_comp), diagonal = 1.0.
`create_distance_matrix`(csv_path)
`create_heatmap`(args)
`extract_original_graph_info`(file_path)
`extract_unique_aminoacids`(file_path)	Extrai resíduos únicos por componente e consolida o global por proteína.
`linkage`(condensed_dist[, method])	Clustering hierárquico average linkage (UPGMA).
`process_directories`(directory_path, output_path)
`squareform`(X)	Converte entre forma condensada e quadrada.